Multiplex: Ontwikkeling en validatie van een multiplex PCR voor het opsporen van het FIP1L1-PDGFRA1 fusiegen bij patiënten met hypereosinofilie
PROBLEEMSCHETS
Hypereosinofilie (HE) is een aandoening die gepaard gaat met een verhoogd aantal eosinofielen (specifiek type witte bloedcellen) in het bloed. Om de juiste behandeling te kunnen geven aan deze patiënten is het noodzakelijk de oorzaak van de aandoening op te sporen. In een groot aantal gevallen is dit de aanwezigheid van het FIP1L1-PDGFRA fusiegen. Dit fusiegen ontstaat door een ontbrekend stuk in één van de chromosomen (DNA). Zo'n fusiegen kan plots een nieuwe functie krijgen, die vervolgens aanleiding kan geven tot een aandoening. In het geval van het FIP1L1-PDGFRA fusiegen leidt het tot ongecontroleerde deling van een bepaald type witte bloedcel en daarom tot HE. De stukjes DNA die verdwijnen kunnen verschillen in grootte, doordat het DNA kan breken op verschillende plaatsen in de twee betrokken genen (FIP1L1 en PDGFRA): de breekpunten. Er is nood aan een methode voor de detectie van de verschillende breekpunten die aanleiding geven tot het fusiegen.
OPZET & METHODOLOGIE
In een voorgaand onderzoeksproject ('Breekpunten', 2020-2021) werd een PCR-methode ontwikkeld voor het opsporen van verschillende breekpunten aan de hand van real-time PCR en ddPCR. In het project 'Multiplex' zouden de verschillende PCRs idealiter gecombineerd worden tot 1 multiplex-PCR, dit om het aantal testen per patiënt te reduceren. In eerste instantie zal de multiplex-PCR uitgetest worden op controlemateriaal. Vervolgens dient de multiplex-PCR gevalideerd te worden op patiëntenstalen. Er zal daarbij minimaal worden gekeken naar precisie intra-assay (herhaalbaarheid), precisie inter-assay (reproduceerbaarheid), accuraatheid, detectielimiet/analytische gevoeligheid en analytische specificiteit.
ONDERZOEKSVRAGEN
Hoe kunnen we een vereenvoudigde test (multiplex-PCR) samenstellen uitgaande van primers en probes die werken in real-time PCRs en ddPCRs voor het opsporen van alle breekpunten van het FIP1L1-PDGFRA fusiegen? Kunnen we deze valideren op patiëntenstalen?
OUTPUT
De resultaten van het project zullen gepubliceerd worden in het tijdschrift van de beroepsvereniging BVLT en worden gepresenteerd op een event van Moleculardiagnostics.be met de bedoeling de resultaten te verspreiden naar de geïnteresseerde diagnostische centra van heel België.
Hypereosinofilie (HE) is een aandoening die gepaard gaat met een verhoogd aantal eosinofielen (specifiek type witte bloedcellen) in het bloed. Om de juiste behandeling te kunnen geven aan deze patiënten is het noodzakelijk de oorzaak van de aandoening op te sporen. In een groot aantal gevallen is dit de aanwezigheid van het FIP1L1-PDGFRA fusiegen. Dit fusiegen ontstaat door een ontbrekend stuk in één van de chromosomen (DNA). Zo'n fusiegen kan plots een nieuwe functie krijgen, die vervolgens aanleiding kan geven tot een aandoening. In het geval van het FIP1L1-PDGFRA fusiegen leidt het tot ongecontroleerde deling van een bepaald type witte bloedcel en daarom tot HE. De stukjes DNA die verdwijnen kunnen verschillen in grootte, doordat het DNA kan breken op verschillende plaatsen in de twee betrokken genen (FIP1L1 en PDGFRA): de breekpunten. Er is nood aan een methode voor de detectie van de verschillende breekpunten die aanleiding geven tot het fusiegen.
OPZET & METHODOLOGIE
In een voorgaand onderzoeksproject ('Breekpunten', 2020-2021) werd een PCR-methode ontwikkeld voor het opsporen van verschillende breekpunten aan de hand van real-time PCR en ddPCR. In het project 'Multiplex' zouden de verschillende PCRs idealiter gecombineerd worden tot 1 multiplex-PCR, dit om het aantal testen per patiënt te reduceren. In eerste instantie zal de multiplex-PCR uitgetest worden op controlemateriaal. Vervolgens dient de multiplex-PCR gevalideerd te worden op patiëntenstalen. Er zal daarbij minimaal worden gekeken naar precisie intra-assay (herhaalbaarheid), precisie inter-assay (reproduceerbaarheid), accuraatheid, detectielimiet/analytische gevoeligheid en analytische specificiteit.
ONDERZOEKSVRAGEN
Hoe kunnen we een vereenvoudigde test (multiplex-PCR) samenstellen uitgaande van primers en probes die werken in real-time PCRs en ddPCRs voor het opsporen van alle breekpunten van het FIP1L1-PDGFRA fusiegen? Kunnen we deze valideren op patiëntenstalen?
OUTPUT
De resultaten van het project zullen gepubliceerd worden in het tijdschrift van de beroepsvereniging BVLT en worden gepresenteerd op een event van Moleculardiagnostics.be met de bedoeling de resultaten te verspreiden naar de geïnteresseerde diagnostische centra van heel België.
AP Hogeschool Antwerpen
20/09/2021 - 17/09/2023
Centrale contactpersoon
Eva Brodelet
AP Hogeschool Antwerpen - Blikopener contact
