Ga verder naar de inhoud

Snel dierlijk DNA onderzoek met nanopore sequencing technologie

Poulpharm kijkt als partner voor dierenartsen en de veterinaire farmaceutische en voedingsindustrie altijd uit naar nieuwe mogelijkheden en innovatie. Zij vergelijken samen met UGent en Howest verschillende technologieën om DNA te bepalen in dierlijke stalen. Paco Hulpiau, bio-informaticus, lector en onderzoeker aan Howest legt uit.

POULPHARM 03

Zo zie je maar dat actieve partijen elkaar altijd vinden. Er is een natuurlijke wisselwerking.”

PACO HULPIAU
Paco Hulpiau
bio-informaticus, lector en onderzoeker

Hoe zijn jullie tot een samenwerking gekomen?
Paco Hulpiau: “Tijdens een speeddate op het Connecting Expertise on Antimicrobial Resistance-event ontmoette ik professor Dr. Gunther Antonissen van UGent. Hij is de chairholder of the Chair Poultry Health Sciences. Hij vertelde me over zijn activiteiten bij Poulpharm en was geïnteresseerd in ons onderzoek met nanopore sequencing technologie.”

Wat is nanopore sequencing technologie?
Paco Hulpiau: “Het is een technologie om DNA-codes te lezen. Bij kippen of ander gevogelte bijvoorbeeld kunnen we in de stoelgang parasieten of bacteriën detecteren. Met die kennis kan de kweker de kippen beter opvolgen. Momenteel bestaan er twee soorten technologieën: short-read sequencing kan heel accuraat en goedkoop korte stukjes DNA lezen, maar een volledige DNA code van een bacterie heeft misschien vijf miljoen letters. Die enorme codes lezen met honderd letters per keer, dat is een hoop werk. Nanopore sequencing leest grotere stukken tegelijk. Zo heb je minder stukjes van de puzzel nodig om tot het gehele plaatje te komen.”


Wat was precies de vraag van Poulpharm of UGent?
Paco Hulpiau: “Tijdens de speeddate vertelde professor Antonissen over zijn werk met massaspectrometrie. Dat is een techniek om moleculen te kunnen identificeren. Met deze techniek kijkt hij vooral naar de eiwitten in stalen. Hij vroeg zich af of zijn werkwijze en de heel recente nanopore sequencing complementair zouden kunnen zijn. Voorlopig gebruiken vooral onderzoekers deze ‘derde’ generatie DNA technologie. Poulpharm en UGent hadden verder ook geen ervaring om dergelijke data te analyseren. Daar konden wij wellicht een rol spelen.”

POULPHARM 02

Welke kennis was echt nuttig voor jullie partner?
Paco Hulpiau: “Ons werk in het labo, dat zeker; maar eens je stalen verwerkt, krijg je data en die moet je kunnen analyseren. Onze sterkte is de samenwerking tussen de opleidingen biomedische laboratoriumtechnologie en bio-informatica waarbij we onze krachten bundelen. Dat is vaak het probleem bij klassieke labo’s. Zij kunnen wellicht heel goed zijn in labowerk, maar kunnen minder goed de data zelf analyseren.”

Samenwerken met dit soort bedrijven is altijd een meerwaarde. Zo staan we mee aan de wieg van de innovatie."

PACO HULPIAU
Paco Hulpiau
bio-informaticus, lector en onderzoeker

Wat heeft jullie partner met het advies gedaan?
Paco Hulpiau: “Ze wilden graag een project indienen bij VLAIO om het idee verder uit te werken. Ze vroegen of wij met onze expertise daar mee wilden instappen. Dat willen wij uiteraard.”

Hoe verliep die samenwerking?
Paco Hulpiau: “Door corona was het niet mogelijk om fysiek samen te komen, maar dat heeft een vlotte, professionele samenwerking niet in de weg gestaan. Tijdens het eerste gesprek peilden ze vooral naar onze ervaring in het analyseren van data. De test die ze zelf gedaan hadden, was weinig succesvol. Wij nodigden hun wetenschapper uit om de hele procedure bij ons te komen volgen. Tijdens een tweede online meeting presenteerden we de resultaten en konden we ook effectief bevestigen dat wij hen verder konden helpen.”

Was de samenwerking ook een meerwaarde voor de hogeschool?
Paco Hulpiau: “Samenwerken met dit soort bedrijven is altijd een meerwaarde. Zo staan we mee aan de wieg van de innovatie. Wij hebben stage-studenten laboratoriumtechnologie bij Poulpharm, maar dat kwam ik later pas te weten. Zo zie je maar dat actieve partijen elkaar altijd vinden. Er is een natuurlijke wisselwerking.”

Gaan jullie nog samenwerken in de toekomst?
Paco Hulpiau: “We hopen op de goedkeuring van het project. Dan kunnen we beginnen aan de vergelijking tussen de verschillende technieken. Poulpharm, UGent en Howest stappen dan samen in het project. Zij zullen stalen verwerken en analyseren op hun toestel. Wij helpen met het protocol en met de analyses. Eens we aan de slag kunnen, zullen we de analyses automatiseren."

"Wij hebben de ervaring om deze processen in een workflow of pipeline te bouwen. Met nagenoeg een druk op de knop gaat dan het hele proces van start. Zodra we aan de slag kunnen, willen we ook de resultaten van de nanopore sequencing technologie gaan vergelijken met deze van de massaspectrometrie. Snelheid is immers ontzettend belangrijk in dit verhaal.”

Interesse om samen te werken?

Interesse om samen te werken?

Vertel ons meer over jouw project. Dan bekijken wij hoe we jou vooruit kunnen helpen.

PUBLICATIE COVERS IMPACT

Onderzoek dat mag gezien worden.

Met het digitaal magazine "Uitpakken met impact" willen de Vlaamse hogescholen exact dat doen wat de titel beoogt: laten zien (en ook een beetje 'stoefen') van hoe ze ondernemingen en organisaties helpen te professionaliseren en welke impact ze daarmee precies realiseren op de werkvloer.

Wil je precies weten wat er de afgelopen 3 jaar zoal gebeurde op gebied van onderzoek, innovatie en de kennisdeling van al deze opgebouwde expertise? Dan geeft dit digitaal magazine antwoord op deze vragen.

VLAIO Vlaamsehogescholenraad v4